本片根据罗威尔·坎宁汉的连环画改编，故事发生在未来时代。 　　凯（汤姆·李·琼斯饰）和杰（威尔·史密斯饰）是黑超特警组的主力成员，这是一个非常机密的非官方组织，工作是负责维持外星人在地球上的出入境及监视他们的行踪。他们从头到脚、从内到外的行头是清一色的黑：黑墨镜、黑西装、黑领带、黑皮鞋……他们要与各种各样的外星人打交道，工作充满了乐趣与危险。 　　外星人入侵地球的秘密行动被发现了，为了保卫地球，凯和杰只好带齐所有精良装备，准备与外星人决一高下。岂料，他们这次所要对付的敌人，并非一般外星人，他们是拥有极强战斗力的巨型破坏者！ 于是，一场殊死搏斗上演了……
在《黑衣人2》中，凯(汤米·李·琼斯饰)和杰伊(威尔·史密斯饰)再度联手，共同对抗一个邪恶的外星女诱惑者，为人们筑起了最好的、也是最后和唯一的一道防线。这个险恶的女子对“黑衣人”(MIB)引以为豪的宣言——保护地球免受宇宙中那些害虫的侵害——构成了最强烈的挑战。 　　自从上次寻找外星的侵入者，成功地化解了一场银河系间的巨大灾难以来，已过去4年了。凯已经退休,过上了安闲的平民生活，而杰伊还在继续为黑衣人工作。“黑衣人”是一个拥有巨额基金的非官方政府机构，它管理着地球上的所有外星事务。 　　杰伊在调查一起看上去很普通的犯罪案件中，发现了由邪恶高手塞琳娜(拉腊·弗林·博伊尔饰)策划的一个恶魔般的计划。这个邪恶的凯洛西恩星怪魔将她自己扮装成一个性感的内衣模特进入了黑衣人的总部大楼。当塞琳娜占领了整个大楼后，将那里的人们都扣押起来当作人质，只有杰伊一个人脱了身。此时杰伊只有依靠凯，凯是他从前黑衣人的老搭档、现在另一个庞大的政府机构，美国邮政署里享清福、美美地品尝着他老婆做的小甜饼而不愿再理会与外星人怪兽之间的斗争。 　　这是一场与时间的赛跑，因为杰伊必须说服凯——他非但对他以前为黑衣人工作全无记忆，而且他也是唯一一个有能力挽救银河系的人——回到黑衣人中间来，以挽救地球免受灭顶之灾。